• 戴行悌先生

  • 臺灣省立海事專科學校前期
  • 民國42年6月至45年8月

• 李昌來先生

  • 臺灣省立海事專科學校後期→臺灣省立海洋學院時期
  • 民國45年8月至64年1月

• 謝君韜先生

  • 臺灣省立海洋學院→國立臺灣海洋學院
  • 民國64年2月至70年7月

• 鄭森雄先生

  • 國立臺灣海洋學院→國立臺灣海洋大學
  • 民國70年8月至79年7月

• 汪群從先生

  • 國立臺灣海洋大學
  • 民國79年8月至81年7月

• 石延平先生

  • 國立臺灣海洋大學
  • 民國81年8月至85年4月

• 吳建國先生

  • 國立臺灣海洋大學
  • 民國85年4月至86年2月（代理校長）
    民國86年2月至92年3月

• 黃榮鑑先生

  • 國立臺灣海洋大學
  • 民國92年3月至95年3月

• 李國添先生

  • 國立臺灣海洋大學
  • 民國95年3月至101年7月

• 張清風先生

  • 國立臺灣海洋大學
  • 民國101年8月至109年7月